의협은 이날 360명의 서명을 받아 제출한 감사청구서에 따르면 교육부는 약대학제 개편과 관련해 전 교육부총리가 국회에서 관련단체와의 합의와 충분한 논의를 거쳐 신중하게 추진하겠다고 밝혔음에도 연구용역 과정에서 의사회를 배제하는 등 불공정하게 연구를 수행했다고 주장했다.
또 시민단체나 국민의 참여 없이 불법적이고 불공정하게 공청회를 강행함으로써 공청회가 요식행위에 불과했다며 추후 정책추진이 공정하고 투명하게 진행 될 수 있도록 조치해 달라고 요청했다．
복지부의 경우는 약대 6년제 정책결정 과정에서 약사회측의 일방적 주장을 그대로 인용했고, 공청회 한번 없이 특정 이익단체의 요구에 따라 정책을 결정하는 등 총체적으로 의혹이 있다고 청구 이유를 제시했다．
이에 따라 의협은 교육부에 대해서는 ▲객관적인 추진을 약속했던 관련 담당자를 교체한 이유 ▲연구용역 추진과정 및 연구용역보고서의 문제점에 대한 교육부의 입장 ▲시민단체나 국민의 참여없이 불법적이고 불공정한 공청회를 강행한 배경 ▲담당 공무원이 의료계를 자극하는 인터뷰를 한 사실확인 ▲향후 정책 추진에 있어 투명하고 공정한 진행을 하려는 의지와 증거를 감사해 달라고 요청했다．
복지부에 대해선 ▲교육부 결정을 뒷받침할만한 객관적 자료수집을 했는지와 인용자료의 사실성 여부 및 의료계의 지적에 대해 적절한 답변이 이루어지지 않은 이유 ▲약사의 직무분석이 배제되고 교육목표·표준 커리큘럼 등을 불투명하게 함으로써 사회적 갈등을 일으키게 한 행정행위 및 행정절차의 구조와 진상 ▲ 정책결정과정에서 관련단체 및 국민의 의사를 청취하는 공청회가 배제되는 등 졸속으로 추진된 이유와 절차적 합리성 ▲약사제도의 선진화를 위해 OTC 수퍼 판매·약국개국 자유화 등 인프라 구축이 우선임에도 선행 행정행위를 하지 않은 이유 및 과정 ▲약대 6년제 시행에 앞서 약사의 불법임의조제·무면허의료행위에 대한 근절책 마련을 위한 노력이 전무한 이유와 향후 계획 등을 감사 청구했다．
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