보건복지위원회 남윤인순의원(민주당)이 보건복지부로부터 제출받은 건강보험심사평가원의 “시장형 실거래가제도 효과분석(2012. 09)” 보고서에 따르면, 시장형 실거래가 제도의 저가구매효과는 정부 예상과 달리 마이너스인 것으로 나타났다.
 
보고서의 시장형 실거래가 제도 평가에 따르면, 제도에 참여한 사립병원의 경우 “보험재정에서 지급된 약가상한차액과 저가구매효과로 낮아진 보험자 부담금이 상쇄되어 사립병원에서 보험재정에 미치는 영향은 미미”했으며, 국공립병원의 경우에는 “제도 시행 이전에는 건강보험재정과 환자의 약제비 본인부담절감으로 환원”되던 절감액이 시장형 실거래가 제도에서는 “저가구매에 의해 국공립 약제상한차액 772억원(국공립병원에 지급된 인센티브)만큼 건강보험 재정에서 더 부담”했다고 적시하고 있다. 이에 따라 시장형 실거래가 제도에 따른 저가구매효과는 –772억원이었다.
 
남윤인순 의원은 “시장형 실거래가 제도가 병원 특히 종합병원 이상에만 이익을 가져다주었을 뿐, 건강보험재정이나 환자에게는 거의 도움이 안 되었다.”며, “심사평가원도 제도 폐지가 최우선 대안이라고 평가한 만큼 제도 폐지가 불가피하다.”고 주장했다.

시장형 실거래가 제도로 인해 건강보험 재정 지출이 늘어난 반면, 요양기관이 지급받은 총 약가상한차액(인센티브 금액)은 1,966억원에 달했다. 인센티브 총액의 54.5%에 해당하는 1,072억원을 45개 상급종합병원이, 37.2%에 해당하는 731억원을 249개 종합병원이 가져갔다. 결국 약가상한차액 1,966억원의 92%인 1,803억원을 종합병원 이상에서 지급받은 것으로, 시장형 실거래가 제도가 대형의료기관의 이익만 증가시킨 것으로 나타났다.

환자 본인부담 절감액은 512억원으로 추정되었지만, 경감액의 91.7%가 종합병원 이상 기관에서 발생하여 대형의료기관을 이용하는 환자일수록 더 많은 경감을 받아 환자가 받는 혜택의 형평성에 문제가 있는 것으로 나타났다.

보고서는 또한 “시장형 실거래가 제도는 1차 의료 활성화라는 현재의 정책방향과 불일치”하고 “2012년 도입한 약가산정기준(동일가정책) 도입으로 시장형 실거래가제도의 상한금액 조정효과가 거의 작동하지 않을 것으로 예측”하면서, “시장형 실거래가 제도를 폐지하는 것이 가장 우선적으로 검토할 수 있는 대안”이라고 적시했다.