병원계는 현재 의료기관이 운영하고 있는 혈액원에서의 혈액정보시스템 구축시 발생하는 비용을 정부가 지원해야 한다고 주장했다.

병협은 이와 관련 현재 의료기관 혈액원들간의 전산환경이 다른 점을 고려, 시스템 구축때 대한적십자사와 의료기관간 전산상 호환이 되도록 할 것과 국가 차원에서 관리되는 사업인 점을 들어 이같이 요구했다.

병협은 대한적십자사에 보낸 "혈액정보공유 시스템 구축에 대한 의견"에서 이같이 밝히면서 의료기관 혈액원과 적십자사간 실시간으로 혈액정보 송수신이 가능해지므로 업무효율성을 높일 수 있도록 의료기관 혈액원에서 입력하는 정보는 각 혈액원별로 관리대장에 중복 기재하지 않도록 조치해줄 것을 주문했다.

특히 병협은 혈액안전성 개선에 필요한 인프라 구축 비용은 국고로, 혈액사업 운영에 소요되는 비용은 혈액수가로 확보한다는 분담원칙은 혈액사업 부실의 한 원인인 혈액수가 인상요인으로 작용해 결과적으로 건강보험재정 건전화를 저해할 우려가 있으므로 건보재정과 별개로 혈액관리사업부문에 대한 국고지원 및 적십자사의 경영합리화 노력을 통해 해결토록 해야 한다고 강조했다.
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